労働時間の把握義務
労基法の文言上では，使用者側に労働時間の把握義務を課しているか否か，定かではありません。しかし，労基法の解釈においては，使用者に対し，賃金全額支払の原則（法２４条１項）があること，時間外労働・深夜労働・休日労働に対して３６協定の締結及び時間外手当の支払義務があること（法３２条・３６条・３７条）から，これらの義務履行に必要な労働者の実労働時間の把握も義務であると解釈されています。
ガイドライン（平29.1.20基発0120第3号）
労基法上，実労働時間の把握方法は，何ら規定されていません。裁判例の集積を経て，厚労省が通達を出す形で，具体的な方法を定めています。（最新の通達はコチラ）
①始業・終業の時間を確認・記録すること
②原則的手法としては２つ
・使用者自ら現認
・タイムカード，ＩＣカード，パソコン使用時間の記録等の客観的手法
③労働者の自己申告制を採用する場合の措置
・労働者へ，正しく記録，適正に自己申告することの説明
・使用者側管理者へのガイドライン上の措置の説明
・申告内容と実労働時間の補正，乖離がある場合の実態調査
・労働者の残業理由等の報告内容が適性か否か確認
・使用者側が申告時間上限設定その他適正申告阻害措置を取らないこと
客観的手法について
タイムカード以外で裁判においても証拠力があるものとしては，作業日報，入退室記録，職場のパソコンの起動時間記録，職場からの送信メール，定期券に記録されている会社・自宅間の乗車記録，などがあります。
労働者作成のメモ・日記は，上記の客観的資料と比べて，やはり信用性は劣っていると言わざるを得ません。
タイムカードによる実労働時間の推認
タイムカードによって直接立証できる事実は「打刻時点で当該労働者が会社施設内にいたこと」です。しかし，この事実は，「始業から終業までの実労働時間の存在」を推認する根拠となります。
過去の裁判例は，タイムカードの打刻時間から実労働時間を推認するものも多いですが，滞留時間（業務終了後もダラダラ休憩している時間）も含まれてしまいます。近時の裁判例では，使用者側が実労働時間の把握義務を怠っている場合にはタイムカードの打刻時間のみから実労働時間を推認し，残業申請・承認といった把握義務を履行している場合には使用者が把握する時間を実労働時間とし，打刻時間との差分は労働者側が労働時間であったことの積極的立証がなければ認定しない，といった判断枠組みを取っているようです。
滞留時間を労働時間をされないためには
タイムカードを利用しつつ，労働者の恣意的な滞留時間を労働時間として判断されないためには，労働者側で適切に把握義務を尽くしていく以外にありません。
平素からの社内研修でガイドラインの周知を行い，残業をする場合には事前に残業申請を出す運用を行い，事後申請となる場合には翌日中に行う等，管理職の作業が増えることになりますが，地道な手法が一番の対策でしょう。